Derneğin bir toplantı kararında, üyelere dikkatli olması emrediliyor. İddiaya göre bu kararlar, 2008 yılına ait. Ergenekon operasyonlarının başlaması ile ÇYDD'nin yönetim kurulu tarafından alındı. İddianameye göre, yasadışı Ergenekon yapılanmasına yönelik operasyonlar ÇYDD'yi tedirgin etti. Çünkü, dernek, "Ata Evleri" ve "Deniz Yıldızı" adlı projelerle, milletimizin gözbebeği Türk Silahlı Kuvvetleri'ne sızmaya çalışıyordu. İşte savcıların iddianamedeki değerlendirmeleri.