Balyoz Davası'nın başlamasına 2 gün kala; HSYK, davaya bakacak mahkemenin başkanı Zafer Başkurt'un görev yerini değiştirdi. Hem de uyuşturucu davası sanıklarına para karşılığında yardım iddiasıyla... Herşey, Adalet Bakanlığı müfettişlerinin soruşturma dosyası açmasıyla başladı. İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Zafer Başkurt ile 14. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Erkan Canak hakkında disiplin soruşturması açıldı. 25 Ağustos 2009'da başlatılan soruşturma, son derece ciddi iddialar içeriyor. Müfettiş raporlarında; Balyoz hakimi Zafer Başkurt'un uyuşturucu sanıklarına söz ve vaatlerde bulunduğu; bunun karşılığında ise maddi kazanç elde ettiği ileri sürülüyor... 14. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Erkan Canak hakkındaki soruşturmada ise bir kadının adı geçiyor. Söz konusu kadının, uyuşturucu davalarında iş takibi yaptığı iddia ediliyor. İşte Hakim Canak'ın, o kadın ile uzun süreli bir ilişki içinde olduğu belirtiliyor. Dahası da var. Haki Canak, soruşturma kapsamında teknik takibe alındı. Ve o takipte, Canak'ın uyuşturucu davası sanıklarıyla görüştüğü ortaya çıktı. Hakim Başkurt ve Canak hakkındaki bu şok tespitler üzerine; Adalet Bakanlığı düğmeye bastı. Başkurt ve Canak'ın aynı yerde ve baktıkları davalarda görev yapmalarının, yargıya ve soruşturmaya zarar vereceği belirtildi. Bu yüzden başka bir yere tayin edilmeleri istendi. Müfettişlerin talebi HSYK'ya iletildi. HSYK da talebi oy birliği ile yerinde buldu ve Hakimler Başkurt ve Canak İstanbul'dan tedbiren alındı. Başkurt Gebze'ye, Canak ise Sakarya'ya tayin edildi. Özel yetkileri de kaldırıldı... HSYK'nın bu önemli kararı, Balyoz Davası'nı da etkiledi. Davaya bakacak mahkeme başkanı değişti. 10. Ağır Ceza Reisliği'ne yine aynı mahkemeden Rüstem Çakır getirildi. Canak'tan boşalan başkanlık koltuğuna ise Hakim Ömer Diken atandı. Aslında bir önceki HSYK'da Başkurt ve Canak'ın disiplin dosyası vardı. Fakat, iddialara göre; önceki HSYK bu dosyayı ikili üzerinde baskı unsuru olarak kullanıyor, bu sebeple soruşturma bir türlü sonlandırılmıyordu. Başkurt ile Canak'ın, yargıyı etkilediği iddia edilen Ergenekon zanlısı Seyfi Oktay ile da ilişkisi olduğu tespit edildi. İkili, Oktay'ın aracılığı ile Ankara'da Kadir Özbek ile buluştu. Ve İstanbul'daki bazı ergenekon hakimlerinin görev alınmasını istedikleri iddia edildi.