Yeni Erzurum Stadı'nda Fenerbahçe ile 12 Ağustos 2012 tarihinde oynanan TFF Süper Kupa Finali'nin 68. dakikasında, itirazda bulunduğu hakem Cüneyt Çakır'ın boğazına sarılan ve kırmızı kartla oyundan atılan Engin Baytar, aldığı 11 maçlık cezayı tamamlamak için 3 ay beklemek zorunda kaldı. Galatasaray'ın ligde Mersin İdmanyurdu ile yaptığı müsabaka ile cezası dolan Engin Baytar, teknik direktör Fatih Terim tarafından şans verilmesi halinde, 16 Aralık Cuma günü Türk Telekom Arena'da Kardemir Karabükspor ile yapılacak lig maçıyla tekrar sahalara dönebilecek. 15 maçta forma giyemedi Engin Baytar'ın Türkiye'deki 11 maçlık cezası, oyuncunun Şampiyonlar Ligi'ndeki maçlarda da teknik direktör Fatih Terim'in tercihleri arasına girmesini engelledi. Cezası nedeniyle Galatasaray'ın bu sezon ligde yaptığı ilk 11 maçta oynayamayan Engin Baytar'a, teknik direktör Fatih Terim de UEFA Şampiyonlar Ligi'ndeki karşılaşmalarda forma vermedi. Manchester United maçı ve Cluj ile hem içerde hem de dışarda yapılan maçların yedekleri arasında bulunan ancak sahaya çıkamayan Engin, Braga maçının kadrosuna dahi alınmadı. Son maçını TFF Süper Kupa'da Fenerbahçe'ye karşı yapan Engin Baytar, ardından bazı hazırlık müsabakalarında oynamasına karşın, takımının son 15 resmi maçında yer alamadı.