İsviçre'nin Nyon kentinde TSİ 13.00'te yapılacak kura çekiminde gruplarda mücadele etmeye hak kazanan 40 takım, 5'erli 8 grupta yer alacak. 5 torbadan oluşan kuraya Beşiktaş 3., Fenerbahçe ise 4. torbadan katılacak.Takımlar, 2'si iç sahada, 2'si deplasmanda olmak üzere toplam 4 karşılaşma yaparken, 1 haftayı maç oynamadan geçecek ve grup maçlarını bitirecek. Gruplarını ilk üç sırada tamamlayan 24 takım ve Şampiyonlar Ligi'nde gruplarını üçüncü bitiren 8 takımın katılması ile oluşacak 32 takımlı eleme ve kupanın bir sonraki basamağı 16 takımlı elemenin ardından finaller başlayacak. Çeyrek final ve yarı finalin sonrasında finale yükselen iki takım 16 Mayıs 2007 tarihinde İskoçya'nın Glasgow kentinde karşı karşıya gelecek. UEFA Kupası kura çekiminde 5 torbada yer alan takımlar şöyle: 1.TORBA Sevilla (İspanya) Newcastle United (İngiltere) Panathinaikos (Yunanistan) Parma (İtalya) Ajax (Hollanda) B.Leverkusen (Almanya) Feyenoord (Holllanda) Auxerre (Fransa) 2.TORBA Club Brugge (Belçika) FC Basel (İsviçre) AZ Alkmaar (Hollanda) Sparta Prag (Çek Cumhuriyeti) Glasgow Rangers (İskoçya) Celta Vigo (İspanya) Paris St Germain (Fransa) RC Lens (Fransa) 3.TORBA Beşiktaş (Türkiye) Palermo (İtalya) Espanyol (İspanya) Heerenveen (Hollanda) Partizan (Sırbistan) Rapid Bükreş (Romanya) Wisla Krakow (Polonya) S.Liberec (Çek Cumhuriyeti) 4.TORBA Fenerbahçe (Türkiye) Austria Wien (Avusturya) Hapoel Tel Aviv (İsrail) Osasuna (İspanya) Blackburn (İngiltere) Grasshoppers (İsviçre) Dinamo Bükreş (Romanya) Livorno (İtalya) 5.TORBA Tottenham (İngiltere) Maccabi Haifa (İsrail) Sporting Braga (Portekiz) Nancy Lorraine (Fransa) E.Frankfurt (Almanya) Zulte Waregem (Belçika) M.Boleslav (Çek Cumhuriyeti) OB Odense (Danimarka) (BÜL-BE-SSG)