UEFA Kupası'nda final maçı, 20 Mayıs 2009 tarihinde Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadı'nda yapılacak. İlk maçların 14 Ağustos, rövanş karşılaşmalarının ise 28 Ağustosta oynanacağı kupada, diğer eşleşmeler şöyle gerçekleşti: Güney Torbası: Braga (Portekiz) - Zrinjski (Bosna Hersek) Lokomotiv Sofya (Bulgaristan) - Borac Cacak (Sırbistan) Aris Salonika (Yunanistan) - Slaven Belupo Koprivnica (Hırvatistan) Omonia Nicosia (Güney Kıbrıs Rum Kesimi) - AEK Athens (Yunanistan) Vllaznia Shkoder (Arnavutluk) v Napoli (İtalya) APOEL Nicosia (Güney Kıbrıs Rum Kesimi) - Kızılyıldız (Sırbistan) Deportivo Coruna (İspanya) - Hajduk Split (Hırvatistan) Litex Lovech (Bulgaristan) - Hapoel Ironi Kiryat Shmona (İsrail) Vojvodina Novi Sad (Sırbistan) v Hapoel Tel Aviv (İsrail) Maccabi Netanya (İsrail) - Cherno More Varna (Bulgaristan) Orta-Doğu Torbası: VfB Stuttgart (Almanya) - Gyor ETO (Macaristan) FC Zurich (İsviçre) - Sturm Graz (Avusturya) Lech Poznan (Polonya) - Grasshoppers (İsviçre) Slovan Liberec (Çek Cumhuriyeti) v Zilina (Slovakya) Metalurgs Liepaja (Letonya) - Vaslui (Romanya) Young Boys (İsviçre) - Debrecen (Macaristan) WIT Georgia Tbilisi (Gürcistan) - Austria Vienna (Avusturya) Suduva Marijampole (Litvanya) - Salzburg (Avusturya) Interblock Ljubljana (Slovenya) - Hertha Berlin (Almanya) Legia Warsaw (Polonya) - FC Moskova (Rusya) Dnipro Dnipropetrovsk (Ukrayna) - AC Bellinzona (İsviçre) Kuzey Torbası: Djurgarden (İsveç) - Rosenborg Trondheim (Norveç) Manchester City (İngiltere) - Midtjylland (Danimarka) FC Honka (Finlandiya) - Viking Stavanger (Norveç) Queen of the South (İskoçya) - Nordsjaelland (Danimarka) Ghent (Belçika) - Kalmar (İsveç) Aston Villa (İngiltere) - FH (İzlanda) Stabaek (Norveç) - Stade Rennes (Fransa) Haka Valkeakoski (Finlandiya) - Brondby (Danimarka) FC Copenhagen (Danimarka) - Lillestrom (Norveç) Elfsborg Boras (İsveç) - St. Patrick's Athletic (İrlanda)