Başbakan Tayyip Erdoğan ile görüşen Bayraktar’ın istifadan vazgeçtiği ve AK Parti için seçim çalışmalarına katılacağı bildirildi. Bayraktar, NTV’ye yaptığı açıklamada ise Başbakan Tayyip Erdoğan’ı da eleştirerek hem partisinden hem milletvekilliğinden istifa ettiğini açıklamıştı. Bir gün sonra Bayraktar'ın bakanlıktan alındığı Resmi Gazete'de yayınlanmıştı.

Ancak bu kararının hukuki gerekçelerini yerine getirmeyen Bayraktar, bakanlıktaki devir teslim töreninde, “40 yıllık davama hizmet edeceğim” diyerek istifadan dönüşünün ilk sinyalini vermişti.

İstifasını açıklamasına rağmen resmen bu konuda girişimde bulunmadığına yönelik basında haberler çıkması üzerine ise Bayraktar, dilekçesini Ak Parti Genel Başkan Yardımcısı Mehmet Ali Şahin’e göndermişti. İstifanın verileceği yerin genel merkez olmadığından hareketle de Şahin herhangi bir işlem yapmamıştı. Dilekçe daha sonra AK Parti Meclis Grubu’na gönderildi. Grup yönetimi de dilekçe için hiçbir işlem yapmadı.

Bayraktar istifasından haftalar sonra TBMM’ye gitti ve Grup Başkanvekili Nurettin Canikli ile görüştü. Bayraktar’ın barış adımları Twitter mesajıyla devam etti. Bayraktar,  “Önce Allah’ın, sonra RTE’nin sayesinde, genel müdür, meclis üyesi, TOKİ Başkanı, milletvekili ve bakan olduğum gerçeği ortadadır” mesajı attı. Bayraktar nihayetinde Erdoğan ile de görüşerek partide kalmasını kesinleştirdi. 

Eski Çevre ve Şehircilik Bakanı Erdoğan Bayraktar: "Sayın Başbakanımız, benim davamın lideridir. 25 Aralık 2013 tarihinde yaptığım açıklamada bu hususun altı çizilmiş ve Sayın Başbakanımızın da icranın başı olduğu zikredilmiştir. Bunun aksi bir durumun söz konusu olmadığını ifade etmek için maksadımı aşan bir şekilde "istifa" kelimesi tarafımdan kullanılmıştır. Bu ifademden dolayı liderimden ve dava arkadaşlarımdan özür diliyorum."