Daha önce Ergenekon'un Çöküşü 1-2 isimli kitapları nedeniyle Çakır'ı hapse mahkûm eden Yalçınkaya, Ergenekon manifestosu gibi bir gerekçeli karara imza atmıştı. Bu kez Ergenekon'un tutuklu sanıkları Veli Küçük, Doğu Perinçek ve Muzaffer Tekin Zihni Çakır'ı mahkemeye verdi. Üç isim de Çakır'ın 'Ergenekon'un Çöküşü 1-2' ve 'Kod Adı Darbe' isimli kitaplarında gizliliği ihlal ettiği ve yargılamayı etkilemeye teşebbüs ettiği gerekçesiyle suç duyurusunda bulundu, ardından dava açıldı. Davalara yine Hakkı Yalçınkaya bakacak. Zihni Çakır, daha önceki gerekçeli kararın ardından hakimin taraflı olduğu iddiasıyla Adalet Bakanlığı'na suç duyurusunda bulunmuştu. Bakanlık da Yalçınkaya hakkında ön inceleme başlatmıştı. Hâkim Yalçınkaya, Kemal Kerinçsiz'le yaptığı samimi telefon konuşmasıyla gündeme gelmişi. Yalçınkaya'nın Kerinçsiz'e "Bir emriniz var mı?" diye sorduğu, Kerinçsiz'in de kendisine "Hakkıcığım" diye hitap ettiği tespit edilmişti. Üç tutuklu sanığın yanı sıra, Şişli Cumhuriyet Savcılığı da Zihni Çakır hakkında kamu davası açtı. Ayrıca Yarbay Hüseyin Pepekal da Çakır aleyhine Kadıköy Cumhuriyet Savcılığı'na suç duyurusunda bulundu. Pepekal'ın ismi, Çakır'ın 'Kod Adı Darbe' kitabında geçiyordu. İddiaya göre Pepekal, Özdemir Sabancı suikastına karışmıştı. Zihni Çakır böylece kitapları yüzünden 6 ayrı davada yargılanmaya başladı. Bunlardan 1 yıl 6 ay hapis cezası aldığı ilk dava halen Yargıtay'da temyiz aşamasında. 6 davada toplam 30 yıla yakın hapsi isteniyor. Ergekenon'un Çöküşü 1-2 ve Kod Adı Darbe kitaplarını basan Neden Yayınları'nın yönetim merkezi Şişli bölgesine girdiği için davalar Şişli Adliyesi'nde açıldı. Zihni Çakır, 13 Mayıs'ta Hakim Yalçınkaya'nın karşısına çıkarak savunmasını verdi. Zaman'a konuşan Çakır, "Hakkında suç duyurusunda bulunduğum bir hakim tarafından yargılanacak olmayı da kabullenemiyorum. Reddi hakim talebinde bulunacağım." dedi.