Eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek ve Cumhuriyet Gazetesi Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay'a ait darbe günlüklerini de kapsayan iddianame, medya patronlarıyla kuvvet komutanları arasındaki ilişkiyi gözler önüne seriyor. İddianameye göre, örgütün 'merkez üssü' olarak İlhan Selçuk'un imtiyaz sahibi olduğu Cumhuriyet Gazetesi seçilmiş. Örgütün Cumhuriyet'in yanı sıra Doğu Perinçek yönetimindeki Aydınlık Dergisi ve Ulusal Kanal başlangıç için hareket noktası olarak belirlediği ilk iddianamede yer almıştı. Ayrıca Hayrettin Ertekin'e ait Business Channel'ın da kontrol altına alınmaya çalışıldığı, önceki iddianamenin vurguları arasındaydı. İkinci iddianamede, örgütün medya ayağına 18 yeni isim ekleniyor ve şu saptama yapılıyor: "Soruşturma kapsamında bulunan birçok şüphelinin değişik gazete, dergi ve internet sitelerinde yazılar yazdığı, bazı şüphelilerin internet siteleri kurduğu, bazı şüphelilerin gazete, dergi ve televizyon alanında çalışmalar yaptıkları tespit edilmiştir. Bu durum göz önüne alındığında örgütün medya yapılanmasına ne kadar çok önem verdiği anlaşılmaktadır." Bu saptamayı yapan savcılar, 18 yeni isme, Ergenekon üyesi olarak yer veriyor. Bunların başında Cumhuriyet Ankara Temsilcisi Mustafa Balbay, Kanaltürk'ü satıp Biz TV'yi kuran Tuncay Özkan ve Tercüman Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Ufuk Mehmet Büyükçelebi geliyor. İddianamede medya patronlarının komuta kademesiyle görüşmelerine geniş yer veriliyor. Mehmet Emin Karamehmet, Turgay Ciner, Aydın Doğan, Cem Uzan gibi birçok medya patronu darbe planlarının yapıldığı 2003-2004'te kuvvet komutanlarıyla sıkça bir araya gelmiş. Görüşmelerde medya patronlarından AK Parti hükümetine karşı yürütülecek kampanyanın parçası olmaları istenmiş. Karamehmet'i, Ankara'ya görüşmeye çağıran Jandarma İstihbarat Başkanı Levent Ersöz, Tuncay Özkan ve ekibinin kovulmasına içerlediklerini ve geriye alınmasını istiyor. Cem Uzan ise bir telefon görüşmesinde Levent Ersöz'e 'Paşam paletleri bir çalıştırsanız' diyor.