Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nde görülen Leyla Şahin davasına müdahil olarak katıldı ve başörtüsü yasağının devam etmesini istedi. Ergenekon soruşturmasına ilişkin girişimleri tespit edilen YARSAV Başkanı Ömer Faruk Eminağaoğlu'na destek verdi. Ocak 2009'da Sabih Kanadoğlu'nun evinin Ergenekon soruşturması kapsamında aranmasına tepki gösterdi. 19 Ocak 2009'da yaptığı basın açıklamasında Hurşit Tolon'un GATA'ya sevk edilmesi çağrısında bulundu. Şubat 2009'da, Ergenekon davası sanıkları emekli Tuğgeneral Levent Ersöz ve emekli Albay Arif Doğan'ın 'sağlık' gerekçesiyle tahliye edilmesi için İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvurdu. Stajyer avukatların Staj Eğitim Merkezi'ne başörtüsü ile girmesini yasakladı. 'Gözaltı, tutuklama, gizli tanık, teknik takip, iletişimin dinlenmesi ve tespiti' başlıklı Ceza Muhakemesi Kanunu uygulamalarına ilişkin bir dizi panel düzenledi. Panellere Ergenekon sanığı Kemal Alemdaroğlu'nun avukatı Metin Çetinba ş'ın da arasında bulunduğu birçok sanık avukatı konuşmacı olarak çağrıldı. Başkan Muammer Aydın ve yönetim kurulu üyeleri 20 Temmuz'da Silivri'de görülen ikinci Ergenekon davasının duruşmasına katıldı. Aydın, başta Hurşit Tolon olmak üzere birçok sanıkla samimi bir şekilde sohbet etti.