Ecer'in rektörlük yaptığı dönemde maaş promosyonu olarak bankadan aldığı parayı zimmetine geçirdiği iddiasıyla Niğde Ağır Ceza Mahkemesinde yargılandığı dava sonuçlandı. Mahkeme heyeti, eski Rektör Ferhat Ecer'e 9 yıl 2 ay hapis cezası verdi. Ecer'in avukatlarının cezaya itiraz ettikleri ve temyize başvuracakları öğrenildi. Prof. Dr. Ferhat Ecer hakkında, rektörlük görevini yürütürken bir banka ile personel maaş sözleşmesi imzaladığı ve bankadan aldığı 135 bin YTL'yi zimmetine geçirdiği iddiasıyla yaklaşık 2 yıl önce soruşturma açılmıştı. Niğde Sulh Ceza Mahkemesinde görülen davada tutuklanan ve yaklaşık 4 ay cezaevinde kalan Ecer, kefaletle serbest bırakılmıştı. Daha sonra dava, Niğde Ağır Ceza Mahkemesine gönderilmişti. Aralık 2004'te rektörlük görevinden istifa eden Ecer hakkında, 2006 yılında dava açılmış, YÖK Disiplin Kurulu, Ecer'e kamu görevinden çıkarma cezası vermişti.