Cumhuriyet Savcısı Mehmet Ali Pekgüzel, ''Ergenekon Davası''na ilişkin esas hakkındaki mütalaasında, ''Ergenekon terör örgütünün varlığının sabit olduğu anlaşılmıştır'' dedi.Savcı Pekgüzel, bu sanıklar hakkında örgüt üyeliği suçlamasıyla dava açılmış olmasından karşın, örgüt yöneticiliğinden ceza verilmesi için ayrıca üyelikten ceza verilmesine gerek olmadığı yönünde görüş bildirdi.
Cumhuriyet Savcısı Pekgüzel, esasa ilişkin mütalaasında, eski Genelkurmay Başkanı Başbuğ ve emekli Orgeneral Iğsız'ın da aralarında bulunduğu 10 kişi için ağırlaştırılmış müebbet istedi. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmada esas hakkındaki mütalaasını okuyan Cumhuriyet Savcısı Mahmet Ali Pekgüzel, eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, emekli Orgeneral Hasan Iğsız, Orgeneral Nusret Taşdeler'in de aralarında bulunduğu 10 sanığın TCK'nın 312/1'inci maddesi uyarınca, ''Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek'' suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapisle cezalandırılmalarını istedi.
Bu sanıkların Terörle Mücadele Kanunu'nun 5'inci maddesi uyarınca da cezalandırılmasını talep eden Pekgüzel, Yargıtay içtihatlarına göre bu sanıkların terör örgütü yöneticiliğinden cezalandırılmasına yer olmadığını kaydetti.
Mehmet Ali Pekgüzel, tutuklu yargılanan emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve gazeteci Tuncay Özkan'ın da aynı madde gereğince, ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırılmasını talep etti.
Savcı Pekgüzel,  tutuklu sanıklarından emekli Tuğgenerel Levent Ersöz'ün de aynı madde gereğince, ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırılmasını istedi. 
Gürüz, Perinçek ve Hilmioğlu için müebbet istemi
Savcı Pekgüzel, mütalaasında, İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek ile eski YÖK Başkanı Prof. Dr. Kemal Gürüz için de TCK'nın 312/1 maddesi gereğince ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istedi.
Pekgüzel, Perinçek'in Yargıtay içtihatlarına göre örgüt yöneticiliğinden cezalandırılmasına gerek görmedi.
Savcı Pekgüzel, tutuklu yargılanan eski İnönü Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu için de aynı madde uyarınca ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istedi.
Pekgüzel, tutuksuz yargılanan eski İstanbul Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu'nun da ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırılmasını istedi.  
Sedat Peker ve Ali Yasak'a hapis cezası
Savcı Pekgüzel, Sedat Peker, Semih Tufan Gülaltay, Mehmet Bora Perinçek, Ali Yasak, Emin Şirin, Güler Kömürcü Öztürk ve Tanju Güvendiren'in de bulunduğu 96 sanığın ''Ergenekon  terör örgütüne üye olmak'' suçundan 7.5 yıldan 15'er yıla kadar hapisle cezalandırılmalarını istedi.
Danıştay saldırısının failine 4 kez müebbet istedi
Cumhuriyet Savcısı Mehmet Ali Pekgüzel, Danıştay saldırısının faili, tutuklu yargılanan Alparslan Aslan'ın da 4 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırılmasını istedi. 
5 sanığın dosyasının ayrılması istendi
Cumhuriyet savcıları Pekgüzel, Nihat Taşkın ve Murat Dalkuş tarafından dönüşümlü olarak sanıkların hukuki durumlarının okunduğu mütalaada, eski MİT görevlisi Özel Yılmaz'ın dosyasının MİT görevlileriyle ilgili çıkarılan yasa gereği izin alınması gerektiği gerekçesiyle ayrıldığı kaydedildi.
Mütalaada, bu nedenle Yılmaz hakkında hüküm kurulmasına yer olmadığı belirtilerek, haklarında yakalama kararı bulunan firari sanıklar Bedrettin Dalan, emekli Tümgeneral Mustafa Bakıcı, Turan Çömez, Emrah Gönenci ve Saipir Deblevidze'nin ise yakalanamadığı kaydedildi.
Bu nedenle firari olan bu 5 sanığın dosyasının ayrılması istenilen mütalaada, Danıştay dosyasın sanıkları Salih Kurter ve Süleyman Esen ile Ümraniye'deki gecekonduda ele geçirilen el bombalarının bulunduğu evde kiracı olarak kalan Ali Yiğit'in beraatine karar verilmesi öngörüldü.
Mütalaada, dava açıldıktan sonra yaşamanı yitiren İlhan Selçuk, Engin Aydın ve Murat Özkan'ın da dosyalarının ölüm nedeniyle ayrılması talep edildi.
Yine Adem Uzun ve Erdal İrten'in de beraati istenilen mütalaada, Ayhan Parlak ve Oğuzhan Arslan hakkında hüküm kurulmasına yer olmadığı kaydedildi.
Akıl hastalığı nedeniyle ceza indirimi
''Ergenekon'' davasının tutuklu sanıklarından eski Özel Harekat Dairesi Başkanvekili İbrahim Şahin'in TCK'nın 312/1'inci maddesinden cezalandırılması ancak akıl hastalığı nedeniyle cezasının 37.5 yıla indirilmesi istendi. 
Pekgüzel, Şahin hakkında Yargıtay içtihatları nedeniyle terör örgütü yöneticiliğinden ceza verilmesine yer olmadığını belirtti.
Şahin hakkında TCK'nın 311/1'inci maddesinden de cezalandırılması istemiyle dava açıldığını ifade eden Pekgüzel, sanıkların eylemlerinde ''yürütme organına karşı eylemlerin'' öne çıktığını kaydetti.
Pekgüzel, bu nedenle 311/1'inci maddesinden ceza verilmesine gerek görülmediğini belirterek, Şahin'in TCK'nın 312/1'inci maddesi uyarınca cezalandırılmasını talep etti.
Sanığa, ''Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek'' suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası verilmesini öngören Pekgüzel, ancak Şahin'in akıl hastalığı nedeniyle cezasında indirim uygulanarak 37.5 yıla düşürülmesini talep etti.