Ergenekon soruşturmasını yürüten savcıların, Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt'ün Ergenekon davası sanıklarından bazı isimlerle yaptığı görüşmeleri Anayasa Mahkemesi Başkanlığı'na yazılı olarak gönderdiği ortaya çıktı. Ergenekon'un ek klasörlerinde Anayasa Mahkemesi Başkanlığı'na 15 Kasım 2008'de gönderilen gizli bir yazıda yer aldı. Yazıda, Anayasa Mahkemesi Başkan vekili Osman Paksüt'ün eşi Ferda Paksüt'ün AK Parti'nin kapatılması davası sürecinde Ergenekon soruşturması kapsamında hakkında soruşturma yürütülen bazı zanlılarla görüştüğü kaydedildi. Paksüt'ün terör örgütünün amacına bilerek ve isteyerek yardım ettiğine yönelik ciddi şüpheler oluşması sebebiyle şüpheli sıfatıyla ifadesinin alındığı vurgulandı. Yazıda şöyle denildi: "Bahse konu telefon dinlemelerinde, Başkan Vekili Osman Alifeyyaz Paksüt'ün de, eşinin kullanımındaki telefon ile, telefon görüşmelerinin çeşitli aşamalarında telefonu eşi Ferda Paksüt'ten alıp aynı kişiler ile görüşmeye devam ettiği tespit edilmiştir. Konuyla ilgili iletişim tespit tutanakları, iletişimin dinlenmesi kararları ve telefon konuşmalarının ses dosyaları CMK 138/2, 135/6 maddeleri gereğince yazımız ekinde gönderilmiştir." Eşi Osman Paksüt'ten aldığı bilgileri, Ergenekon örgütüne sızdırmakla suçlanan Ferda Paksüt'ün terör örgütüne bilerek ve isteyerek yardım ettiği ileri sürülüyor. İddianamede Paksüt için 9 ila 20 yıl hapis cezası isteniyor.